Taisei Onari, seorang siswa SMP kelas dua yang menyukai kereta api, pindah ke Akademi Shinkai untuk mencari petunjuk tentang kakak perempuannya yang hilang, Ina.
Tepat ketika dia bertemu dengan Ryota Kuzuryu dan Mai Ome, dan bersemangat dengan klub kereta api tempat mereka berafiliasi, Unknown muncul di kota untuk pertama kalinya dalam sepuluh tahun.
Secara kebetulan, Taisei ditemukan memiliki Nilai Bakat yang tinggi sebagai masinis Shinkalion, dan dipaksa untuk membuat keputusan untuk bertarung.
